中国生命关怀协会的最高权力机构是会员代表大会，其下设理事会，是大会的执行机构，在会员代表大会闭会期间领导本协会开展日常工作，对大会负责。
理事会下设秘书处、专家委员会和分支机构。其中秘书处设秘书长一名，由李怀荣同志担任。秘书处设办公室、会员联络部、发展部、职业技能培训与认证中心(原培训部)、宣传部、财务部及关爱生命公益事业办公室共七个部门。
专家委员会设首席专家一名，专家按医学领域不同分别聘任。现任首席专家为曾益新（中国科学院院士、 中国医学科学院北京协和医学院院长）。
分支机构分为专业委员会、工作委员会、基金工作委员会。